Дворецът – резиденция на управителите на Перперикон през 13 и 14 век разкриха археолозите под ръководството на проф. Николай Овчаров при проучванията на югозападната част на цитаделата. Представителната сграда е била значителна за времето с размерите си 20 на 15 м. Приземният й етаж е разделен на три части. Откъм юг е имало масивна закрита галерия по цялата дължина и стълбище, което водело нагоре към още поне 2 етажа. На първия е била разположена приемна зала, възможно и в целия обем на сградата. На втория е било жилището.

Сградата е удивително подобна на епископския дворец в манастирския комплекс „СВ. Йоан Продром”, който проучихме с археолога Даниела Коджаманова преди около 25 г., подчерта Овчаров. При проучването на манастира се постарах да намеря аналози и открих, че този тип сгради са се използвали от Източна до Западна Европа през средновековието, поясни професорът. Какво са представлявали дават представа така наречените италиански палацио.

Известно е, че Перперикон е бил епископски център, но има и период, когато е важен административен център. Още повече, предвид че е близо да златните рудници при Стремци. Тази сграда е била резиденция на управителя.

Стените са запазени на височина 3-3,5 м. Добре се вижда, че са стъпили върху късноантична сграда от 3-4 век, като доста точно повтарят плана и размерите й, но допълнен и видоизменен. Зидарията е от местния зеленикав камък на хоросан, добре оформена.

Забележително е, че явно е била свързана функцианално с известната запазена кула. Тя е от така наречените свободно стоящи, предназначена да бъде последно убежище, в случай, че защитата не устои. Както и другите градове през средновековието Перперикон е имал подградия, същинска част на града зад стените. В най-високата част е била цитаделата, а вътре в нея - кулата. Била е на поне три етажа, възможно и по-висока. Имало е складове за боеприпаси, храна и вода за в случай на обсада.

Има основания да се смята, че в открития дворец е била резиденцията и на българския архонт на Родопите, поставен от цар Иван Александър при превземането на крепостта от войските му през 1343 г. Случва се по време на продължалата 8 години гражданска война във Византия между претендента за престола Йоан Кантакузин и малолетния василевс Йоан V Палеолог. Иван Александър използва междуособиците да си върне изгубените през 13 век български територии в Източните Родопи. По силата на договор Византия му връща Пловдив и Станимака. След това царят изпраща силна експедиция със задача да превземат Перперикон. Тя е успешна, но след няколко месеца, може би година византийците си връщат крепостта. Независимо от краткото присъствие, точно на Перперикон през 30-те години е намерен единственият познат на науката златен печат хрисовул на цар Иван Александър. Той е откраднат от музея в Плодви и сега е в частна колекция в САЩ. Намерени са също и монети от царуването му.

Сред находките от сградата изобилстват монети от 13 и 14 век, парчета от качествени съдове и други дребни неща. Една от най-забележителните находки е късче от луксозен съд от скъпия за времето китайски селадон от 14 век. Подобно беше намерено при разкопките в Клисе Башъ.

Откриването на двореца запълва една празнина в историята на Перперикон, коментира Овчаров. Повечето от находките са от древността. Бяха открити и свидетелства за превземането и разрушаването й. Сега се запълва периода на 13 и 14 век.